天空之柱需要玩家到二周目并且剧情推进到相应的地方才能进入。天空之柱需要玩家在紫董市更换音速自行车(马赫自行车)才可以通过。通过的方法是通过自行车的高速，冲过塌方，玩家可以把模拟器的运行速度调低方便操作。

第一集剧情：

小智和三色堇来到了卡洛斯地方的密阿雷市，急着想挑战三色堇妹妹道馆的小智因为无法联络而十分沮丧，在得知这里也有道馆十分兴奋，和三色堇分别后，便直接向密阿雷道馆前进，在路上，小智遇见了许多认识和不认识的神奇宝贝，这让他更加地按捺不住。

到达道馆后，小智因为没有收集足够的徽章而掉入道馆的机关，被直接送出道馆的外部，眼看就要摔了下去，路过的希特隆和柚丽嘉救下了小智和皮卡丘。

之后，柚丽嘉提议让希特隆和小智做神奇宝贝对战，眼看小智就要获得胜利，火箭队三人住跑出来捣乱，这时跟着小智多时的呱呱泡蛙也出来帮忙，击退火箭队后，呱呱泡蛙因为体力不支倒了下去，小智抱起它前往布拉塔诺博士的研究所。